El actual Museo de Huelva se constituye sobre un edificio de nueva planta que cuenta con una superficie útil de 3.000 m² repartidos en tres plantas y un semisótano. Presenta dos secciones: Arqueología, Bellas Artes.

La Sección de Arqueología ofrece el rico pasado histórico de la provincia, destacando los elementos procedentes del los conjuntos dolménicos de La Zarcita y El Pozuelo, los ricos ajuares de la necrópolis orientalizante de La Joya, los materiales de origen fenicio y griego documentados en las excavaciones urbanas de la capital, y los objetos cerámicos y metálicos que constatan el alto desarrollo alcanzado por la cultura tartésica a través del beneficio minero-metalúrgico de las minas onubenses, con yacimientos tan importantes como Tejada la Vieja (Escacena del Campo) o Niebla.



Resulta de particular interés la colección de materiales mineros de época romana procedentes de Riotinto, con piezas tan singulares como la rueda hidráulica presente en el vestíbulo de acceso al museo.



La sección de Bellas Artes se distribuye en cuatro salas en la primera planta del edificio. Destacan la obra del pintor nervense Daniel Vázquez Díaz. Podemos hacer mención a la obra "Muerte de un torero", en la que, además de mostrar toda su fuerza plástica, el pintor realiza un homenaje a su pueblo natal retratando en el lienzo a alguno de sus conciudadanos. 

Otro conjunto destacable es el que recoge la historia de la plástica onubense, desde los alumnos de la antigua Escuela de Bellas Artes de principios del siglo XX hasta la actualidad, con obras de José Caballero como "Premonición del verano", y artistas locales como Mateo Orduña Castellanos, Granado Valdés, Castro Crespo, José María Franco o Juan Manuel Vidal entre otros.